Génomique des corticosurrénalomes : de la génomique intégrée au séquençage haut débit.
M. Neou*a (M.), B. De La Villéona (Dr), A. Jouinota (Dr), S. Garineta (M.), J. Pipolia (Mlle), F. Letourneura (M.), J. Bertherata (Pr), G. Assiéa (Pr)
a Institut Cochin, Paris, FRANCE
* mario.neou@inserm.fr
Différentes classes moléculaires de corticosurrénalome ont été récemment identifiées en combinant exome, methylome, anomalies chromosomiques et transcriptome. Ces classes sont associées à des pronostics différents.
Objectif : Pouvoir classer un corticosurrénalome par des mesures moléculaires ciblées sur son ADN, par séquençage nouvelle génération (NGS).
Méthode :
Le NGS (AmpliSeq Life Technologies) est utilisé pour :
-détecter des mutations parmi les 20 gènes les plus souvent mutés
-détecter des anomalies chromosomiques : une méthode spécifique est créé, testée sur 77 corticosurrénalomes. Comparaison aux puces SNP Illumina (gold-standard).
-détecter des anomalies de méthylation d’îlots CpG : traitement de l’ADN par bisulfite, amplification d’ilots CpG (dessin des amorces par MetPrimer) et séquençage NGS. Une méthode spécifique est créée pour aligner les séquences, et compter les allèles méthylés. Comparaison pour 6 tumeurs aux puces méthylome Illumina (gold-standard).
Résultats :
Au-delà de la détection des mutations somatiques, dont la détection et le filtrage sont relativement standardisées, le NGS détecte correctement les anomalies chromosomiques : délétions homozygotes (Se 82%, Sp 100%), délétions hétérozygotes et LOH neutre en nombre de copie (Se 93%, Sp 78%), et les chromosomes normaux (Se 71%, Sp 94%). Les gains sont moins bien détectés (Se 27%, Sp 97%).
Pour la méthylation, 58 couples d’amorce sont dessinés. 15/58 sont amplifiés avec succès en PCR, puis séquencées. L’alignement est réussi pour 13/15 îlots. La méthylation varie pour 8/13 îlots. L’îlot Cg07384961 discrimine parfaitement 3 niveaux de méthylation globale.
Conclusion :
Le NGS récapitule de manière ciblée les anomalies pan-génomiques de l’ADN tumoral du corticosurrénalome, permettant d'entrevoir une utilisation en routine.
L’auteur n’a pas transmis de déclaration de conflit d’intérêt.