Une approche géographique des facteurs environnementaux des maladies multifactorielles: preuve de concept dans le diabète de type 1.
P. Bougnères*a (Pr), S. Le Furb (Dr), C. Isis-Diabc (Dr), AJ. Valleronb (Pr)
a Hôpital Bicêtre, Kremlin Bicêtre, FRANCE ; b U1169 INSERM, Kremlin Bicêtre, FRANCE ; c Hôpitaux, 120 Villes, FRANCE
* pierre.bougneres@inserm.fr
Le diabète de type 1 est devenu bien plus fréquent chez le jeune enfant depuis une dizaine d’années. Quoique d’importance supérieure dans la causalité du diabète, l’environnement est resté le parent pauvre de la recherche, en comparaison de la génétique.
Pour identifier des marqueurs environnementaux associés à la maladie, nous avons mis au point une approche cas-contrôles nouvelle, fondée sur la géolocalisation des adresses où vivaient 3548 enfants avant le diagnostic de DT1 (ArcGIS 9.3.1 system, ArcView software, BD ADRESSE® V2 database fournie par l’IGN). Nous avons mappé à ces adresses les données espace-temps sur les infections fréquentes de l’enfant relevées chaque semaine par le Système Sentinelle (Valleron, 1986). Pour éviter les biais redoutables du choix de contrôles en épidémiologie, nous avons eu l’idée d’utiliser des “contrôles virtuels” âge-matchés basés sur la géographie et le recensement français (répétition de 100 séries accouplant un patient avec un contrôle virtuel défini par le R package PPS (Gambino, 2005) et la fonction ppss. En comparant les expositions infectieuses à l’adresse des cas et des contrôles virtuels, nous avons trouvé une plus grande exposition des futurs diabétiques à des épisodes grippaux ou des diarrhées et moins à la varicelle.
Nous avons aussi réalisé une étude gènes-environnement chez 1956 “cas seuls” à partir de génotypes génome-entier, qui a montré l’association significative de deux SNPs à la varicelle. La multiplication des bases de données environnementales et le développement des analyses big data permettront des études « agnostiques » des facteurs environnementaux à grande échelle.
L’auteur n’a pas transmis de déclaration de conflit d’intérêt.