Une inversion intragénique dans le gène CYP11B1 impliquée dans une forme virilisante d'hyperplasie congénitale de surrénales chez un sujet 46,XX: intérêt croisé des séquençages massif en parallèle ciblé et Sanger.
C. Janota (Dr), C. Janot*b (Dr), A. Ladjouzec (Dr), K. Choronb (M.), J. Teolib (Dr), I. Plottonb (Dr), D. Malletb (Dr), F. Roucher-Boulezb (Dr)
a Hospices Civils de Lyon, Lyon, FRANCE ; b Hospices Civils de Lyon, LBMMS, Service de Biochimie et biologie moléculaire, Centre de Biologie et de Pathologie Est, Bron cedex F-69677, France., Lyon, FRANCE ; c Department of Paediatrics, Centre Hospitalo-Universitaire Bab El Oued, Algiers, Algeria., Bab El Oued, ALGÉRIE
* clement.janot@chu-lyon.fr
INTRODUCTION. Le déficit en 11-bêta hydroxylase représente moins de 5% des hyperplasies congénitales des surrénales (HCS). La technique de choix pour l'étude du gène CYP11B1 reste la méthode de Sanger, le gène possédant 90% d'homologie de séquence avec CYP11B2. Nous rapportons le cas d’un patient chez qui cette méthode n’a pas permis d’identifier un variant structural, révélé par des données de séquençage massif en parallèle (NGS).
OBSERVATIONS. Le patient présente à la naissance une variation des organes génitaux externes sans gonades palpables (Prader IV), au caryotype 46, XX. Le 11-desoxycortisol plasmatique est dosé à 206.5 nmol/L (seuil diagnostic >40nmol/L). Le séquençage Sanger n’a révélé qu’un seul variant à l’état hétérozygote (NM_000497.4:c.331_332delinsC ; p.(Met111Argfs*22). L’étude de CYP11B1 par DNAseq ciblé (panel) et appel de variant n’a pas retrouvé d’autre variation. Cependant, par visualisation des fichiers d’alignements sur l’outil IGV®, nous avons pu identifier une inversion intra-génique de 598 paires de base impliquant les exons 5 et 6 (NM_000497.4:c.892_1121+7inv;1121+8_1121+9del). Un design spécifique d’amorces a permis d’amplifier l’allèle portant l’inversion et de confirmer notre diagnostic moléculaire.
DISCUSSION. Nous décrivons ici la première inversion intra-génique dans le gène CYP11B1. Elle n’a pas été retrouvée lors de l’analyse classique Sanger (« drop-out » de l’allèle), ni par le pipeline d’appel de variant structural en NGS. Seule la visualisation ciblée des alignements de séquences sur CYP11B1, motivée par l’évidence des données clinico-biologiques, a permis de révéler l’inversion et ainsi fournir un conseil génétique adapté à la famille.
L’auteur n’a pas transmis de déclaration de conflit d’intérêt.